Ellen Malmer erhielt ihre Ausbildung von der Kunst- und Handwerksschule in Kopenhagen und absolvierte 1965 die Textillinie.
Trotz ihrer Hauptlinie Textilien war Ellen Malmer von Royal Copenhagen als Designerin von Fayence beschäftigt. Dies hat zu vielen Schüsseln, Schalen und Vasen geführt, die es in vielen dänischen Häusern gibt.
Ellen Malmer arbeitete von 1965-1988 für Royal Copenhagen und hatte ihre eigene Ausstellung für Royal Copenhagen im In- und Ausland. Unter anderem hat sie 1981 in der Seibu Art Gallery in Tokio, Japan, ausgestellt.
Darüber hinaus hat sie in Papiercollagen, Textilien und Innenarchitektur gearbeitet und ausgestellt.